軟件企業的税負不超過3%的按實際來計税負，超過3%的税負是3%。
1、根據《財政部國家税務總局關於軟件產品增值税政策的通知》規定：增值税一般納税人銷售其自行開發生產的軟件產品，按百分之17税率徵收增值税後，對其增值税實際税負超過百分之3的部分實行即徵即退政策。
2、根據《財政部國家税務總局關於進一步鼓勵軟件產業和集成電路產業發展企業所得税政策的通知》規定：我國境內新辦的符合條件的軟件企業，經認定後，在2017年12月31日前自獲利年度起計算優惠期，第一年至第二年免徵企業所得税，第三年至第五年按照百分之25的法定税率減半徵收企業所得税，並享受至期滿為止。
3、符合條件的軟件企業按照《財政部國家税務總局關於軟件產品增值税政策的通知》規定取得的即徵即退增值税款，由企業專項用於軟件產品研發和擴大再生產並單獨進行核算，可以作為不徵税收入，在計算應納税所得額時從收入總額中減除。
