主要區別在於科屬區別、形態區別。
1、科屬區別：絲瓜為植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、合瓣花亞綱、葫蘆目、葫蘆科、冬瓜族、絲瓜屬一年生攀援草本植物。黃瓜為植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、合瓣花亞綱、葫蘆目、葫蘆科、南瓜族、黃瓜屬一年生蔓生或攀援草本植物。
2、形態區別：絲瓜枝粗糙，有稜溝，被微柔毛，單葉互生，有長柄，葉片掌狀心形，雌雄同株，花冠淺黃色，瓠果長圓柱形，一般長20到60釐米，種子扁矩卵形，長約1點5釐米，黑色。黃瓜莖、枝伸長，有稜溝。卷鬚細，不分歧，具白色柔毛。果實長圓形或圓柱形，熟時黃綠色，表面粗糙，有具刺尖的瘤狀突起，極稀近於平滑。
