有鞭毛的是弧菌、桿菌、夜光蟲、鞭毛蟲、眼蟲等生物。
1、弧菌：是菌體短小，彎曲成弧形，尾部帶一鞭毛的革蘭氏陰性菌。廣泛分佈於河口、海灣、近岸海域的海水和海洋動物體內。
2、桿菌：通常呈正圓柱形，也有近卵圓形的，菌體大多平直，亦有稍彎曲的，菌體兩端多鈍圓，少數是平截狀或尖突狀。
3、夜光蟲：生活在海水中的原生動物，在分類學上隸屬於原生動物門、鞭毛綱、腰鞭毛目。它們在夜間由於海水波動的刺激能發光，因而得名。
4、鞭毛蟲：是以鞭毛作為運動細胞器的原蟲，無色素體，種類繁多，分佈很廣，生活方式多種多樣。
5、眼蟲：是眼蟲屬生物的統稱，在植物學中稱裸藻，也稱綠蟲藻，是一類介於動物和植物之間的單細胞真核生物。鞭毛綱，眼蟲科。體小，長梭形。前端鈍圓，後端尖削，中央有一大的胞核。體外表膜具細的斜紋。
