新農合平時無法繳費，只能在年底統一開展籌資工作時才能繳費。新型農村合作醫療是按年度繳費和享受待遇的，一般情況是當年的12月31日前辦理下一個年度的參保和繳費。待遇是從參保繳費的下一年度的1月1日開始享受。新農合每年10月中旬開始籌資，第二年1月1日開始生效，享受報銷。
中國大部分地區參合過程中出現斷繳的情況，再參合無需補繳上年度未參合的費用。但個別地區需要補繳，如山東省上年度沒參合，下年度想參合，但必須補繳上年度的參合費用，包括國家補助部分。
2010年實現新型農村合作醫療制度基本覆蓋農村居民的目標，東部地區可在規範管理的基礎上加快推進速度，有條件的地區可探索多種形式的農村醫療保障辦法。
