1、部分會計科目不同：如工業會計使用的科目而商業會計沒有的科目：產成品、生產成本、製造費用、輔助生產、成品等科目。
2、成本核算方法不同：工業企業注重的是生產過程，也即是生產成本的控制核算；而對於商業企業主要是流通環節主要針對入庫、出庫、期末進銷差價的核算問題。
3、工業和商業會計相比，商業會計簡單。
4、企業進行“進銷差價”科目的核算，工業企業進行成本核算。
5、商業企業的税負率要低於工業企業。
6、進銷差價的核算，工業企業成本核算裏沒有這一核算。
7、庫存商品來源不同，工業企業庫存商品是通過採購材料經過生產加工成產成品再銷售，商業企業庫存商品是採購而來直接銷售。工業會計是以工業企業為會計主體的一種行業會計。商業會計是以商業企業為主體的一種行業會計。
