地理位置不同、主要線路不同、投用時間不同等。
1、地理位置不同：上海站位於上海市靜安區秣陵路303號，毗鄰上海長途客運總站，是上海鐵路樞紐的重要組成部分。上海南站位於上海市徐彙區滬閔路289號，是中國鐵路上海局集團有限公司管轄的客貨特等站，是上海鐵路客運的南大門，是上海鐵路樞紐的重要組成部分，是上海市第三大火車站。
2、主要線路不同：上海站主要線路是京滬鐵路、滬昆鐵路、滬寧城際鐵路。上海南站主要線路是滬杭鐵路、京滬鐵路、金山鐵路。
3、投用時間不同：上海站投用日期是1908年。上海南站投用日期是2006年7月1日。
