範圍不一樣、開始發行時間不一樣、主管公司不一樣。
1、範圍不一樣：嶺南通是作百為廣東省統一、使用方便、經濟實惠的交通智慧卡系統。羊城通是廣州市公交車電子收費系統，一種電子錢包，是廣州市城市交通智慧化系統工程（ITS）的相關子系統。
2、開始發行時間不一樣：2010年11月08日，廣州、佛山、汕尾、肇慶、度江門等五市首批亞運嶺南通卡發行。羊城通是2001年12月30日，22、107、270三條公交線路試用羊城通，普通儲值3000張。
3、主管公司不一樣：嶺南通在廣東省問委省政府督辦和廣東省交通運輸廳具體部署下，2011年6月28日，由多家企業合作，答正式成立了廣東嶺南通股份有限公司，以落實推進全省公交一卡通工作，目標是建立全省統一的交通一卡通類銀聯絡統，實現一卡在手、嶺南通行，為嶺南大眾提供便利的公共交通出行服務。羊城通是廣州羊城通有限公司（原名：廣州交通電子收費營運有版限公司）管理，其成立於1999年，是直屬廣州市公共交通集團有限公司的國有法人獨資企業。
