一、多增一檔減稅：
1.環境保護費：只規定了一檔減排減免，即企業汙染物排放濃度值低於規定的汙染物排放限值百分之五十以上的減半徵收；
2.環境保護稅：多增一檔減排稅收減免，即納稅人排放應稅大氣汙染物或者水汙染物的濃度值低於國家和地方規定的汙染物排放標準百分之三十的，減按百分之七十五徵收環境保護稅；
二、收入全歸地方；
1.環境保護費：中央和地方1比9分成；
2.環境保護稅：考慮到地方政府承擔主要汙染治理責任，將環境保護稅全部作為地方收入，中央不再參與分成；
三、收費標準：
1.環境保護費：國家只規定下限而未規定上限，各省份可上浮收費標準；
2.環境保護稅：既有上限又有下限，大氣和水汙染物的稅額下限沿用排汙費最低標準，即每汙染物當量1.2元和1.4元，稅額上限則設定為下限的10倍；
四、徵收主體：
1.環境保護費：由環保部門徵收管理；
2.環境保護稅：由環保部門改為稅務機關，環保部門依法監測管理企業排汙，並確定企業申報、稅務徵收、環保協同、資訊共享的徵管模式。
