我國擁有海洋生態系統有濱海溼地生態系統、珊瑚礁生態系統、上升流生態系統和深海生態系統。
1、濱海溼地生態系統：按國際溼地公約的定義，濱海溼地的下限為海平面以下6米處（習慣上常把下限定在大型海藻的生長區外緣），上限為大潮線之上與內河流域相連的淡水，或半鹹水湖沼以及海水上溯未能抵達的入海河的河段。
2、上升流生態系統：在上升流海域由特定的生物及周圍的環境構成，食物鏈較短、生產力很高的生態系統。
3、珊瑚礁生態系統：珊瑚礁被稱為海洋中的“熱帶雨林”是海洋生態系統的重要組成部分。它以不到海底的千分之二的覆蓋面積，為近30%的海洋魚類提供了生活的家園。
4、深海生態系統：深海中缺乏陽光，靜水壓力大，形成黑暗、低溫和高壓的環境。由於不能進行光合作用，深海生態系統中沒有光合作用的植物，沒有植食性動物，只有碎食性和肉食性動物、異養微生物和少量濾食性動物。人類已發現的深海生態系統包括：深海海山生態系統、深海化能合成生態系統、深淵生態系統、海底火山生態系統和海底湖泊生態系統等。
