小丑魚體表有一種黏液，可以抵抗海葵的毒素。海葵為小丑魚阻擋大型魚或天敵的攻擊，為它提供生存之地、產卵繁殖；同時，海葵吃剩的食物還能提供給小丑魚。小丑魚能趕跑鰈魚等吃食海葵的魚類，亦能吸弓|其他魚類前來作為海葵的食物，還能幫海葵去除壞死的組織和寄生蟲。
小丑魚並不是唯一雌雄同體的動物，但它們是為數不多的雄性可變成雌性，雌性無法變成雄性的物種。每個小丑魚種群都有一個統治地位的雌性和幾個成年雄性，後者在青年期是雌雄同體。
如果具有統治地位的雌性死亡，其中一隻成年雄性將經歷荷爾蒙變化，轉變成為該種群中的新雌性。在產卵期，公魚和母魚有護巢、護卵的領域行為。其卵的一端會有細絲固定在石塊上，一星期左右孵化，幼魚在水層中漂浮一段時間之後，才會棲息到海葵等共生性生物上。
