1、介質不同：油性馬克筆不能溶於水，而是溶於酒精，當筆幹掉了，可以用注射器吸取少量酒精注射到馬克筆裡即可繼續使用。水性馬克筆能溶於水，幹了就加水。
2、效果不同：油性馬克筆色彩柔和、揮發快，幹後顏色會變淡。水性馬克筆顏色鮮豔、筆觸清晰，多次覆蓋後色彩變渾濁，但是幹了之後不易變色，穩固性非常好。
3、適合畫紙不同：油性馬克筆對畫紙的滲透力比較強，所以描圖紙或者硫酸紙比較適合它，一般用於室內透檢視的繪製，在塑料材質上畫不容易擦掉。水性馬克筆通常用於在較緊密的卡紙或銅版紙上作畫，用來畫人物較好，在塑料材質上畫很容易擦掉。
