根據有關法規、規章，增值稅專用發票的存根是開票方留存備查的憑據，發票聯是收票方付款的憑據，抵扣聯是收票方辦理扣稅手續的憑據。僅有增值稅發票不能認定付款事實。
僅有增值稅發票不能認定付款事實，因為在使用一般發票進行買賣交易的場合，通常情況下是在付款後再開具發票，或是開具發票行為與付款行為同時進行，發票在此種情況下可以作為付款憑證，證明已付款的事實。
但在使用增值稅發票進行交易的場合，這種專用發票具有證明銷售方已盡納稅義務和購買方進項稅額的作用，因而它就又具有了確定最終應付價款準確數額的作用，但並不能起到物權憑證的作用。以增值稅發票證明付款的事實，仍需另外舉證補強，以其他證據如進帳單、支票存根等付款憑證來作為已付款的依據。
【法律依據】
《中華人民共和國發票管理辦法》第三條的規定，“發票是指在購銷商品、提供或者服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證”。
