主要港口如下：
1、蒙巴薩港，不僅是肯亞最大的港口，也是東非最大的港口。早在3000年之前，這裡就是重要的貿易口岸，東部非洲肯亞、烏干達、盧安達、蘇丹等貨運都經過此地，該港口岸線長達2324米，最大水深可達13.4米，每年蒙巴薩港口進出口集裝箱數量約15萬~到20萬TEU；
2、拉穆,肯亞第二大港口，最大吃水深度6.71米，該港口靠近大陸，適合停泊中等吃水的船隻，駁船最大的載運量為60噸；
3、馬林迪港是桑給巴爾地區的中號港口，目前馬林迪港每天處理的集裝箱數量約為60個，年處理量約為20萬；
4、萬加港口的程式碼為KEAGA。
