大型民航飛機的廁所會在旅客按下衝水按鈕後，通過真空裝置將排洩物吸進飛機的廢物容器內，當飛機到達地面後，再由專用的糞便收納車輛將糞便集中收納，再將汙箱裡的廢物接入真空吸汙泵站內進行處理，整個處理過程真空且無公害、無汙染。
一些老式或小型的飛機在長途飛行時，一般會採用直排式處理方法來處理排洩物，這種排洩物的處理方法是通過開啟飛機的排洩物處理口，將排洩物直接扔在太平洋和森林上空，這樣處理的排洩物會在空中自由落體時就被分解。
需要注意的是飛機的吸汙系統比較精緻，如果有乘客把飲料瓶蓋、塑料袋扔到飛機衛生間的馬桶裡，就很容易產生汙物箱內堵塞的情況，這個時候想要進行排洩物的清理就需要用工具伸進汙物箱排汙口清理雜物，等異物被摳出來後才能進行清理。
