如果住院不按規定辦理新農合轉診相關手續，新農合是有權不予以報銷。
基本全國各地新農合縣外住院都必須開轉診證明，一般要求患者在住院前或住院後3日內辦理手續，到參合地縣（區）級新農合機構開。
如果是從縣醫療機構轉出的，由轉出醫療機構出具《縣外醫療機構轉診申請表》或轉診證明、戶口簿（身份證）、合作醫療證、準生證到縣（區）級新農合機構審批，審批完到相應的醫療機構住院。
如果直接到縣外醫療機構住院，由所住醫院出具診斷證明書（住院證）、戶口簿（身份證）、合作醫療證、準生證在住院後3日內到本縣（區）新農合機構審批，並開具轉診證明，出院後所住醫院如果是即時結報醫療機構直接在本院報銷，如果不是，則持相關出院報銷資料到本縣（區）新農合機構報銷。
