1、定義不同：
組織機構代碼是專有名詞，機構編碼不是。組織機構程式碼是對中華人民共和國內依法註冊、依法登記的機關、企事業單位、社會團體，以及其他組織機構頒發一個在全國範圍內唯一的、始終不變的程式碼標識。國家質檢總局負責組織機構程式碼的管理工作。
2、嚴謹性不同：
“組織機構程式碼”的用語更嚴謹。“機構編碼”這個詞具有隨意性、模糊性、不確定性。“組織機構程式碼”的用語更嚴謹，指向性更明確。
3、編碼規則不同：
組織機構程式碼的全國組織機構程式碼由八位數字(或大寫拉丁字母)本體程式碼和一位數字(或大寫拉丁字母)校驗碼組成。機構編碼一般是按企業的規則自行制定的。
擴充套件資料：
全國組織機構程式碼管理中心表示，將認真貫徹落實國務院常務會議精神，從七個方面將《總體方案》中的相關要求落到實處。
做好工作職能的轉變。統一程式碼方案實施後，組織機構程式碼將作為統一社會信用程式碼的主體標識存在，不再單獨向法人和其他組織發放組織機構程式碼證，已發的組織機構程式碼證也不再年檢、換證和收費。
