南京地鐵移動支付支援銀聯閃付和支付寶掃碼兩種方式，在具體使用中有一定區別：
銀聯閃付使用者持“62”開頭的銀聯IC卡直接刷卡過閘乘車，也可通過繫結銀聯卡的HuaweiPay、ApplePay、MiPay、SamsungPay銀聯手機閃付方式刷手機過閘乘車，乘客無須開啟任何應用，在傳統刷卡區“輕輕一揮”即可快速過閘。
使用支付寶的乘客，在手機上點選“支付寶APP—付錢—乘車碼—南京地鐵電子卡”，註冊併成功領取“南京地鐵電子卡”後，將“南京地鐵電子卡”二維碼對準閘機橙黃色部分的掃碼區，聽到提示音後，閘機開門即可進站，出站操作類似。
