黑白2的時間點是口袋妖怪黑白的兩年之後。玩家將以新的主人公進行遊戲。初始城市由鹿子鎮變為檜扇市。初始精靈由白露贈送。切蓮是道館館主。反派組織中出現新頭目。酋雷姆增加黑、白色酋雷姆。龍捲雲、雷電雲、土地雲增加靈獸形態。冒險方面由於合眾地圖的變化，出現新城市和新道館。口袋妖怪世界淘汰賽，能與口袋妖怪正篇系列的所有道館館主與冠軍對戰。新設施精靈塢，通過選擇劇情來拍攝電影，根據選擇的劇情展開各種對戰，巨大化的精靈直接在戰鬥中出場。黑色城市與白色森林的居民系統取消，可以自由切換遊戲中黑色城市或白色森林的出現。揹包增加自由空間欄，可將常用的道具移動至自由空間欄存放。精靈選單的攜帶道具選單中增加移動項，可直接移動或交換精靈的攜帶道具。通關後可解鎖助手模式或挑戰模式，改變遊戲中NPC的難度。潛入連線內增加集會任務系統，最多可以100人同時進行任務。總結：不管是哪方面，黑白2都更勝一籌。
