醫療保險具有強制性，是單位和職工共同繳納的，並需要繳納時間達到一定的年限。新型農村合作醫療是農民自願參加，而且必須以家庭為單位整戶參加。
1、投保物件
新農合是針對農村人口實行的醫療制度，醫保是針對城市居民及企業職工（分為居民醫保和職工醫保兩種）。
2、繳費標準
目前新農合的繳費標準一般是180每年，而居民醫保一般是240每年，職工醫保則跟個人工資以及當地平均工資掛鉤。
3、報銷比例
醫保報銷比例高於新農合報銷比例，但目前多地已開始實行城鎮居民醫保和新農合統一的政策。
4、報銷範圍
醫保報銷範圍比新農合廣。