公司車違章扣分的處理方法：駕駛車輛違章人帶上車輛的行駛證、自己的駕駛證和身份證到車管所的違章視窗領號排隊；提交相關資料並籤認處罰決定書；最後在領到處罰決定書之日起的十五天內繳納罰款即可。
如果公司車輛有多次違章，可以繫結多個駕駛證在網上處理。按照規定一輛車最多隻能有三個駕駛證繫結，而一個駕駛證最多隻能繫結三輛車。繫結可以在車管所當面辦理，也能在交管12123APP上繫結。應該事先繫結好駕駛證和機動車，若是違章以後再繫結則無法處理。
交管12123APP處理違章的流程：
1、下載交管12123APP並登入。登入賬號是身份證號，密碼是當初在駕校時設定的，一般是身份證後六位。也可以通過手機驗證修改密碼。
2、在軟體的主介面上選擇【違法處理】，初次使用的要繫結機動車。然後查詢機動車的違章情況。
3、選擇需要進行交款的未處理違章，然後點選下方的處理並繳款。
4、選擇繳款方式，然後點選去支付就可以了。
