員工違反競業限制協議的，公司可以採取以下方式要求賠償：
1、按照協議約定，要求員工支付相應的違約金。根據《勞動合同法》第二十三條規定，勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。也就是說，當雙方在競業限制協議中約定違約金的，公司就可以按照約定，要求員工支付違約金。
2、依法要求員工，賠償公司實際損失。根據《勞動合同法》第九十條規定，勞動者違反本法規定解除勞動合同，或者違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。因此，要是雙方沒有約定違約金或公司認為違約金過低的，可以要求員工按照實際損失予以賠償。只是公司提出此項賠償時，還應該提供證明證實自身損失的金額，否則員工可以不賠償或適當賠償部分費用。
3、公司在要求員工支付違約金或賠償損失時，可同時要求員工停止違約行為，繼續履行競業限制協議。
4、當公司與員工協商不成時，公司可以收集證據資料向法院提起訴訟，要求員工支付違約金或賠償損失，同時繼續履行競業限制協議。
