一、私立醫院的會計核算：新《醫院會計制度》、《基層醫療衛生機構會計制度》沒有明確規定。在會計界，有人認為應執行《基層醫療衛生機構會計制度》，有人認為應執行《小企業會計準則》。
二、私立醫院的會計科目設定 ：基層醫療衛生機構會計制度》規定，設定和使用會計科目，在不影響會計處理和編報會計報表的前提下，可以根據實際情況自行設定本制度規定之外的明細科目，不需要的科目可以不設定。
三、私立醫院的性質：根據私立醫院的單位性質和業務範圍，其實質屬於事業單位企業化管理的經濟組織形式，其會計核算應以《基層醫療衛生機構會計制度》為基礎，參照《小企業會計準則》的規定進行會計核算。
