1、指代不同：科目按事物的性質劃分的類別（多指關於學術或賬目的）。課目是課程的專案。
2、語法不同：科目主謂式；作謂語、賓語、定語。課目聯合式；作主語、賓語、定語。
3、出處不同：科目是丁玲 《母親》：“學堂里科目是很多的，國文，修身，地理，歷史，總有十幾門。”課目是吳組緗 《山洪》三一：“獵戶隊集合，有兩個課目，一個是關於新兵器的知識，一個是戰鬥教練。”
科目：
教學科目也稱科目。教學中將一定的知識和技能範圍劃分為各個單位。如中國小的語文、數學、物理、音樂等；高等學校心理學系的普通心理學、兒童心理學、教育心理學等。國小一般有語文、數學、英語、科學、自然、社會、美術、音樂、體育、根據地方可能還有其他科目。這些東西就像磚頭，給後來的建設奠定基礎。國中一般會加政治、歷史、地理、生物、物理、化學。這些像設計圖紙，給以後的人生定計劃。高中的學科就會分必修和選修，這些像好比開始建設（基本的性質已定型）。大學的就是專功，好比建設後的裝修。畢業後會取得學士學位。研究生（碩士）和博士是少數人願意做的，在建設中也就是二期工程，建設後的宣傳，人生也會因此而有意義。
