潔淨空調與一般空調的區別主要表現在以下幾個方面：
1、主要引數控制：一般空調側重溫度、溼度、新鮮空氣量和噪聲控制，而潔淨空調則側重控制室內空氣的含塵量、風速和換氣次數；在溫、溼度有要求的房間，溫、溼度也是主要控制引數，對生物淨化工程，含菌量是主要的控制引數之一。
2、空氣過濾手段：一般空調有的只有粗效一級過濾，要求高的是粗效、中效兩級過濾處理；而潔淨車間空調則要求粗、中、高效三級過濾或粗、中、亞高效三級過濾，同時，為了消除室內排風對大氣環境的影響，需依據不同的情況在排風系統設排風過濾或排風淨化處理；
3、室內壓力要求：一般空調對室內壓力要求不嚴；而潔淨廠房空調為了避免外界汙染空氣的滲入或內部汙染物逸出或不同潔淨廠房不同物質的相互影響，對不同潔淨車間的壓差均有不同的要求；
4、避免外界汙染：為了避免被外界汙染 ，潔淨空調系統材料和裝置的選擇、加工工藝、加工安裝環境、裝置部件的儲存環境等，均有特殊要求；
5、對氣密性的要求：雖然一般空調系統對系統的氣密性、滲氣量有一定的要求，但潔淨車間空調系統的要求要比一般空調系統嚴得多，其檢測手段、各工序的標準均有嚴格措施及測試要求；
6、對土建及其他工種的要求：一般空調房間對建築佈局、熱工等有要求，但選材要求不是很嚴格；而潔淨空調對建築質量的評價除一般建築的外觀等要求外，還對防塵、防起塵、防滲漏有嚴格的要求；在施工工序安排及搭接上要求嚴格，以避免產生裂縫造成滲漏；潔淨空調系統對其他工種的配合要求也很嚴格，主要集中在防滲漏，避免外部汙染滲入潔淨車間及防止積塵對潔淨車的汙染。
