墊付工程款糾紛處理方法如下：
(一)、違法分包、非法轉包掛靠等造成合同無效時，工程價款的處理辦法;
1、如果建築工程質量合格，可以參照合同約定的結算工程價款進行結算。
2、如果建築工程經竣工驗收不合格，分兩種情況處理：
(1)可以修復的，修復後經竣工驗收合格，應由承包方承擔修復費用;
(2)修復後不合格的，將不支付承包人的工程價款。
3、如果發包人對建築工程有過錯，也應承擔相應責任，如：提供設計不合理，提供或指定購買的材料不符合強制標準，直接指定分包人分包專業工程等。
(二)、承包人非法轉包、違法分包或沒有資質的實際施工人借用資質簽訂的合同無效。
《施工合同糾紛解釋》第六條：當事人對墊資和墊資利息有約定，承包人請求按照約定返還墊資及其利息的，應予支援，但是約定的利息計算標準高於中國人民銀行釋出的同期同類貸款利率的部分除外。
國務院國發辦78號檔案要求墊資工程必須在招投標檔案中明確墊資金額、期限、利息支付等內容，否則不能要求承包方墊資。
