在所有分割區都分割出來後，電腦還無法判定由哪一個分割區來開機，因此，最後要做的事是設定開機分割區（活動分割槽）。按ESC跳到FDisk主選單後，選擇第2個選項來設定SetActivePartition，在出現的選單裡選擇1，表示由主分割區C：來開機，你可以發現在C：前面Status的下方出現一個大寫的“A”即為你所設定的開機磁碟。至此，整個硬碟分割完畢。
若是在硬碟分割後，認為分割不合理想重新分割硬碟，我們可以在主選單中選取第三項DeleteDOSPartitionORLogicalDOSDrive,把主分割區、擴充分割區或邏輯分割區逐一刪除，然後就可以重新設定了，當然，您在刪除分割槽時所有磁碟上的資料也同時丟失。
