宇智波止水為避免因他眼睛而引起戰爭，他製造了自毀雙眼的假象，然後投河自盡。波風水門時期九尾之亂使木葉高層將矛頭紛紛指向宇智波，同時由於宇智波族人對自己的處境日漸不滿，宇智波富嶽帶領族人試圖發動政變。當時宇智波鼬已經不被族人所信任，於是宇智波止水被要求監視宇智波鼬，同時也是因為宇智波止水是當時宇智波一族戰力最強的忍者之一。
在卡卡西暗部篇中止水面見三代目火影，打算在宇智波一族的集會上觀察宇智波富嶽的態度，如果政變無法阻止，就使用最強幻術-別天神改變他的想法從而阻止叛亂。但是志村團藏並不相信他，同時也是為了奪取他的萬花筒寫輪眼，所以使用伊邪那岐偷襲止水成功，並奪去了他的右眼。後止水使用瞬身術逃走，止水計劃失敗。
由於萬花筒寫輪眼擁有可怕的瞳力，且擔心最後一隻左眼也落入團藏之手，止水將左眼託付給宇智波鼬，讓鼬用它守護村子，並保守這個祕密。之後，為避免因他眼睛而引起戰爭，他製造了自毀雙眼的假象，然後投河自盡。
