過濾泵將水抽到上面，在過濾盒中放一些過濾材料，還可以設定多個過濾盒進行多重過濾，並防止一些玻璃環、生物球燈表面積大的材料讓硝化細菌可以在上面生長。這樣溶解在水裡的有機物將被直接轉化為低毒性的硝酸鹽，從而可以使得魚缸比較長的時間不用換水。
採取合適的過濾方式。例如，選擇的定過濾方式第一層兩層生化棉，第一層:兩層生化棉，第二層生化球，第三層3釐米珊瑚砂，第四層8釐米砂子，第五層兩層生化棉。當然，實踐操作下來這種方法也確實可行，魚缸中的水質可以長久的保持乾淨，同時在保證每3天更換一半的新水，就可以完全達到金魚健康生活的水質標準了。
