第四次忍界大戰中，之後的修煉中，兜完全掌控了與大蛇丸相同的力量，身軀似乎已經和蛇的形態產生融合，以至於外貌像大蛇丸。他在瀧隱村殺人取屍體後和帶土對峙時，自稱已經超越二代火影和大蛇丸，將宇智波鼬、蠍、迪達拉、角都和長門穢土轉生，並且以提供帶土目前缺乏的戰力來換取佐助交涉條件，對帶土提議攜手合作。帶土本來因他以佐助為目標而想拒絕他。但兜在黑絕的幫助下找到了宇智波斑的屍體並穢土轉生，最後帶土被迫同意。交換條件是戰爭結果出爐前不能與佐助碰面，以及必須接受帶土的監視。由於兜對轉生者的束縛力不夠，於是綁架前來偵查的御手洗紅豆，並吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以強化控制力。
其後，藥師兜與宇智波佐助及用別天神擺脫穢土轉生的宇智波鼬交戰，兜在交戰後被伊邪那美擊敗後，被宇智波鼬用幻術控制解除穢土轉生，除了宇智波斑之外，所有被穢土轉生的靈魂都已解除穢土轉生，但是宇智波斑知道如何脫離穢土轉生的控制，在穢土轉生即將解除之際，終止了與轉生者之間的通靈契約，才得以繼續留在戰場，隨後以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式，取回自己的查克拉後與鷹小隊同行。
兜最終重拾自我，終於脫離了鼬的伊邪那美，以仙人模式狀態出現在戰場，在二代火影的幫助下，用醫療忍術搶救佐助，讓佐助能夠再戰宇智波斑。
由於兜已醒悟，並且曾在第四次忍界大戰中搶救佐助，間接帶來忍界大戰的勝利，所以不用再被列入叛忍名單中。兜與兒時的夥伴烏魯西一同在木葉開設了孤兒院，並擔任院長，重興當年養母的舊業。鳴人等人返回木葉後，將帶回的一眾克隆人“宇智波信”託付給了兜。
