自來也死的時候是在第353話“自來也豪傑物語”中，在這一集裡，自來也被自己的徒弟長門所殺。
長門利用輪迴眼製造出了佩恩六道，自來也為了調查曉組織的祕密來到了雨忍村，調查中發現自己的徒弟長門就是曉組織的首領，決定打敗他，但是佩恩的能力很強，自來也不清楚敵人的能力，一直處於下風。
後來自來也配合蛤蟆仙人使用了幻術將佩恩控制住，長門也因此被困，一番說教後，自來也用大刀將佩恩的肚子切開了口子，以為這樣就結束了，沒想到後面又出現了另一個佩恩，將自己的手臂打斷。
之後自來也明白了佩恩的祕密，剛要說出來，喉嚨被捏碎，身體被金屬棒貫穿，留下暗號後，身體下沉到了大海中。
