註冊資本印花稅率是萬分之五。
根據《國家稅務局關於資金賬簿印花稅問題的通知》（國稅發〔1994〕25號）第一條規定，生產經營單位執行“兩則”後，其“記載資金的賬簿”印花稅的計稅依據改為“實收資本”與“資本公積”兩項的合計金額。適用稅率為萬分之五。
因此，您企業營業賬簿中記載資金的賬簿按“實收資本”和“資本公積”兩項的合計金額的萬分之五計算繳納印花稅。
擴充套件資料
印花稅由納稅人按規定應稅的比例和定額自行購買並貼上印花稅票，即完成納稅義務。證券交易印花稅，是印花稅的一部分，根據書立證券交易合同的金額對賣方計徵，稅率為1‰。經國務院批准，財政部決定從2008年9月19日起，對證券交易印花稅政策進行調整，由現行雙邊徵收改為單邊徵收，即只對賣出方（或繼承、贈與A股、B股股權的出讓方）徵收證券（股票）交易印花稅，對買入方(受讓方)不再徵稅。稅率仍保持1‰。
根據印花稅暫行條例規定，個人買賣房地產按交易合同記載金額的萬分之五的稅率對買賣雙方徵收印花稅。
