對於合夥企業取得的生產經營所得，財稅[2000]91號文規定，按照每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的餘額，作為投資者個人的生產經營所得，適用5％―35％的五級超額累進稅率，計算徵收個人所得稅。
對於合夥企業對外投資取得的股息紅利所得，不併入企業的收入，應作為合夥人取得的股息紅利，單獨納稅。合夥人為自然人，“按‘利息、股息、紅利所得’應稅專案計算繳納個人所得稅”（國稅函[2001]84號）；合夥人為法人，取得的股息紅利由於不屬於“居民企業直接投資於其他居民企業取得的投資收益”，因此不能享受居民企業之間的股息紅利免徵企業所得稅政策，應併入法人合夥人當期應納稅所得額，繳納企業所得稅。
合夥企業以每一個合夥人為納稅義務人。但對合夥企業而言，被穿透的只是所得稅。對於流轉稅而言，合夥企業仍然是納稅主體。財稅[2016]36號文第一條規定，“在中華人民共和國境內銷售服務、無形資產或者不動產(以下稱應稅行為)的單位和個人，應當按照本辦法繳納增值稅。”因此合夥企業屬於增值稅的納稅主體，其生產經營所得應對照適用稅率繳納增值稅。
