蒙自市的海拔高度是1307米。蒙自市位於雲南省東南部，紅河州東部。東西最大橫距61.3公里，南北最大縱距62公里，總面積2228平方公里。東鄰文山縣，南接屏邊縣，西連個舊市，北與開遠市接壤。北迴歸線從境內鳴鷲鎮小壩心、西北勒鄉蘇租、文瀾鎮大臺子、雨過鋪鎮新光、長橋海東壩穿過。
蒙自市地處雲南低緯高原，屬亞熱帶季風氣候型別，年平均氣溫18.6℃，極端最高氣溫33.8℃，極端最低氣溫2.9℃無霜期337天，年降雨量815.8毫米，年均日照時數2234小時。
蒙自壩是雲南省六大壩子之一、紅河州乃至滇南最大壩子，壩區面積佔蒙自市國土面積的24%，高於雲南省壩區面積比重18個百分點。蒙自市可耕地110.45萬畝，人均3.34畝。
