港澳通行證是隻有一張卡，其正面是港澳通行證資訊，背面是港澳簽註資訊。
最新的港澳通行證是一張智慧卡，其儲存了使用者包括指紋在內的許多資訊。原本的港澳通行證為本式，但是自2014年5月起，公安部在廣東試點啟用電子往來港澳通行證，並於5月20日起受理港澳通行證的申請。
新啟用的港澳電子通行證存有數字化的個人資料和指紋資訊，可以使用口岸自助查驗通道實現自助通關。電子往來港澳通行證啟用後，內地居民往來港澳地區的管理政策不變，證件申請受理渠道和審批條件不變，收費標準不變。而原來本式往來港澳通行證和簽註在有效期內可以繼續使用，持本式通行證仍可以繼續申辦貼紙式簽註。
