內蒙古的醫學院校有內蒙古醫科大學和包頭醫學院。
內蒙古醫科大學：內蒙古醫科大學位於呼和浩特市，是一所以醫學為主，集理學、管理學、工學、文學於一體的多科性高等醫藥院校，也是“卓越醫生教育培養計劃”試點高校、中西部高校基礎能力建設工程高校。學校成立於1956年，原名內蒙古醫學院，2012年3月，經教育部批准，更名為內蒙古醫科大學。
包頭醫學院成立於1958年，是少數民族地區較早建立的普通高等醫學院校之一。經過50年曲折歷程，包頭醫學院已發展成為一所有特色有影響的區屬高等學校，為內蒙古自治區經濟發展、社會進步和醫藥衛生事業做出了積極貢獻。
