在清潔小金剛菩提的時候，主要是以刷為主，首先用鋼絲刷仔細刷洗，一邊刷的時候一邊轉動小金剛，讓每個部位都能刷到位。之後用豬毛刷精細幹刷幾次，或者用高壓水槍噴水清潔表面，也能起到深度清潔的效果。
小金剛菩提子的清理方法在清理金剛菩提的時候，主要以幹刷為主，主要用鋼絲刷一個一個的刷洗，之後用鉤針將裡面的殘渣清理出來，由於鋼絲刷比較堅硬且細密，這樣能對錶面形成一定的打磨效果，同時還能將暗藏在縫隙裡的汙垢清潔乾淨。
待表面清理乾淨後，再用豬毛刷重新刷幾次，刷的時候要用手指不停的撥動珠子，這樣能讓金剛菩提的每個部分都能刷到位，對於最不乾淨的地方仔細敲打幾下，這樣能將裡面的髒物清理出來。
由於豬毛刷裡面含有一種天然的油脂，長期刷洗能增加金剛菩提的色澤，還能起到很好的清潔效果，用豬毛刷仔細刷幾次，就能起到深度清潔的效果，如果不放心的話，可利用高壓水槍噴水也可以將表面沖洗乾淨。
