1、安放。右手握住鏡臂，左手托住鏡座，使鏡體保持直立。桌面要清潔、平穩，要選擇臨窗或光線充足的地方。單筒的一般放在左側，距離桌邊3至4釐米處；
2、清潔。檢查顯微鏡是否有毛病，是否清潔；
3、對光。鏡筒升至距載物臺1至2釐米處，低倍鏡對準通光孔。調節光圈和反光鏡，光線強時用平面鏡，光線弱時用凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動；
4、安裝標本。將玻片放在載物臺上，注意有蓋玻片的一面一定朝上。用彈簧夾將玻片固定，轉動平臺移動器的旋鈕，使要觀察的材料對準通光孔中央；
5、調焦。調焦時，先旋轉粗調焦旋鈕慢慢降低鏡筒，並從側面仔細觀察，直到物鏡貼近玻片標本，然後左眼自目鏡觀察，左手旋轉粗調焦旋鈕抬升鏡筒，直到看清標本物像時停止，再用細調焦旋鈕回撥清晰；
6、觀察。若使用單筒顯微鏡，兩眼自然張開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄及繪圖，同時左手調節焦距，使物象清晰並移動標本視野；
7、結束操作。
