威脅一：海洋環境汙染日益加劇。
海洋環境汙染日益加劇是海洋生物多樣性面臨的最主要威脅之一。海洋環境汙染，使得海水和沉積物中的營養鹽和重金屬等化學因子含量發生改變，對海洋生物的正常棲息、覓食、繁衍、生存等造成影響。
威脅二：海洋資源過度開採。
過度開採，包括過度捕撈，盲目圍填海，不合理的工業佈局和濱海旅遊資源不合理開發利用等，是造成海洋生物多樣性下降的不可忽視的原因。
威脅三：海洋物種生境遭到破壞。
在沿海社會經濟高速發展的帶動下，海洋海岸帶開發活動和城市擴張建設日益增多，不合理的開發直接或間接造成了自然岸線變異、海岸侵蝕加重、海洋環境汙染、富營養化加劇，典型海洋生態系統和重要棲息地不斷喪失，海洋生物群落結構發生重大改變，優質海洋生物資源衰竭，海洋生物多樣性持續下降等。
