適量的低聚木糖沒有副作用。
用唾液、胃液、胰液和小腸酶液進行的消化實驗表明：各種消化液幾乎都不能分解低聚木糖，它的能量值幾乎為零，既不影響血糖濃度，也不增加血糖中胰島素水平，並且不會形成脂肪沉積。
故可在低能量食品中發揮作用，最大限度地滿足了那些喜愛甜品而又擔心糖尿病和肥胖的人的要求，因此糖尿病人、肥胖病人和低血糖病人均可放心食用。
研究表明，日常飲食中攝取少量的低聚木糖，便能體現出保健效果，當低聚木糖與鈣同時攝入時，它不但不會影響機體對鈣的吸收，反而能起促進作用，試驗結果表明，任意攝取2%低聚木糖水溶液，7日後機體對Ca的保留率提高了21%。
低聚木糖對病原菌有較強的吸附力，如大腸桿菌、腸炎門氏菌、肺炎克雷伯氏菌、嗜水氣單胞菌等都能吸附到低聚木糖上，由於低聚木糖不被腸道中的消化酶所降解，可攜帶附著的病原菌通過腸道排出體外，從而防止疾病在腸道中叢集，達到防止腹瀉的目的。
