協議出讓和招拍掛的區別是：
1、適用範圍不同（土地類別）。
《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規定》明確了招標拍賣掛牌的範圍，即：商業、旅遊、娛樂和住宅等各類經營性用地，必須以招標、拍賣或者掛牌方式出讓。除此之外的其他型別用地（主要有：工業、倉儲、或其他重點扶持的專案用地）可以協議方式出讓。在政策執行概念上可以這樣理解：掛牌出讓為土地出讓的一般方式，協議出讓是土地出讓的特殊方式。
2、土地使用權出讓金定價方式不同。
協議出讓是政府與土地使用者協商定價的，而掛牌出讓則是社會公開競價。
3、土地出讓最低價的限定原則不同。
協議出讓土地的最低價不得低於土地有償使用費、徵地成本以及按照國家規定應當繳納的有關費用之和，有基準地價的，不得低於基準地價的70%；掛牌出讓的土地其起拍價就是最低價，這個起拍價是根據土地估價結果和政府產業政策等條件綜合評定的。
