魅族16支援指紋支付，魅族16不僅支援屏下指紋識別技術，還支援面部識別技術。不過魅族16不支援面部支付，僅支援指紋支付，根據李楠介紹，魅族16解鎖僅需0.25s。魅族16的屏下指紋識別率可達99.12%，在體驗效果上甚至比實體指紋識別更好。
目前屏下指紋識別方案有兩種，一種是以Synaptics以及匯頂科技為代表的光學屏下指紋技術，另一種則是以高通為代表的超聲波屏下指紋技術，目前已經商用了光學屏下指紋技術，而超聲波屏下指紋至今還未商用。從實際使用體驗來看，光學屏下指紋不僅在解鎖時需要螢幕開啟最高亮度以照亮指紋，而且在識別精準度以及安全性方面都有待提升。
魅族16的屏下指紋識別可以更安全的保護手機與隱私，還能提升全面屏的體驗。由於全面屏佔用了指紋識別的區域，因此目前全面屏的指紋識別多位於機身背部，影響指紋識別的使用體驗，而屏下指紋的識別區域位於螢幕中，因此不會受到全面屏的影響，也是未來全面屏手機的發展方向。
