如果法院認為證據不足，不能認定被告人有罪的，會作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。
在法庭審判過程中，檢察人員發現提起公訴的案件需要補充偵查，提出建議的，法院可以延期審理，人民檢察院應當在一個月以內補充偵查，人民法院對於人民檢察院起訴的案件認為主要事實不清、證據不足，或者有違法情況時，可以退回人民檢察院補充偵查，或者通知人民檢察院糾正。如果檢察機關的證據仍不能認定被告人有罪的，法院不會判處刑罰，而是做出無罪判決。
法律依據
《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百九十五條第三項
證據不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。
