1、可以用水箱清潔劑清洗除垢：一般的清洗劑，無法徹底清除水道內的水垢和酸性物質，有時也能泡下來大片脫落的水垢，但這樣會堵塞水道，有時要拆下水箱進行清洗。如果用質量好的強力清洗劑，水垢會呈現粉末狀懸浮在冷卻液中，不會堵塞發動機內的水道。
2、人工清理法：需把汽車水箱拆卸下來，用人工錘、刮、鏟等清除水垢；除垢效率低、勞動強度大，不易清除乾淨，清洗過程中應小心避免水箱造成水箱二次損害。
3、專業汽車水箱除垢劑：不需拆卸即可清洗，還可在不停車的條件下清洗。可直接將專用的水垢清洗劑倒入汽車水迴圈系統中，讓其浸泡、怠速迴圈或行駛20-30分鐘後，將水箱及系統內部的除垢劑排放掉，加水反覆沖洗乾淨既可有效清除發動機水迴圈系統中的水垢、鏽、泥及各種有害物質。
