真假金剛菩提子可以通過三方面來分辨：其一，天然菩提子手感粗糙，仿品菩提子特別光滑。其二，天然菩提子燃燒時發出植物味道，而仿品菩提子發出的是化學味道。其三，天然菩提子的外形紋理各不相同，仿品菩提子則完全一致。
1、手感粗糙表皮未拋光之前，金剛菩提子的手感比較粗糙，甚至有些扎手。拋光之後，其表皮多少也會有些凹凸不平。如果沒有經歷過高強度打磨，外表特別光滑的菩提子很可能是假的。
2、質地堅硬真菩提子遇火會焦化甚至燃燒，並能聞到植物燃燒的氣味，假菩提子則會出現化學味道。在使用過程中，會因受乾熱、大風等發生不同程度的損壞，是真菩提子，無反應則是假貨。
3、紋路不一天然的金剛菩提子沒有完全一致的外形紋理，每一顆菩提子的紋理，都有其自己的特點，一旦遇到兩顆完全一樣的菩提子，多半是假的。
