生化危機的起源是：二十世紀六十年代， 人們在埃及發現一種特殊的病毒 ，由美國派特殊部門研究 ，後來分裂出了安布雷拉這個地下研究部門， 後來為了實驗 ，進行了測式， 最終未能控制 ，爆發生化危機。安布雷拉公司的老巢，蜂巢的巨大地下遺傳研究中心時暗藏著某種可怕的事情，在這裡聚集著神祕的生物工程學家。一種致命的病毒爆發了，並快速地傳播著。紅後一臺控制和監視著整個蜂巢的超級巨型計算機把整個中心都封閉了起來，甚至包括很小的漏洞，殺死了所有被困在裡邊的工作人員。艾麗斯和她的特遣隊有3個小時來完成他們的任務，否則這些殭屍們將氾濫成災，對整個地球構成威脅。其間，愛麗絲的記憶不斷閃回，事實的真相也不斷揭開。
