區別如下：
1、性質不同。前者是營利性組織，其目的是通過提供教育培訓服務而獲取經濟利益；後者是非營利性組織或者說是基本非營利性組織，其目的是培養社會主義建設事業的各類人才。
2、產權歸屬不同。前者在財產歸屬上受公司法、民法等法律的調整。在民辦培訓機構終止、清算後，民辦培訓機構的投資人可以依法在清償債務後取得剩餘財產；後者屬於公益性組織，原則上應當遵循公益性組織運作的基本原則和規則，其財產權本質是屬於社會公共財產。
3、登記機關不同。前者的登記機關是工商行政管理部門；後者依照《民辦非企業單位登記管理暫行條例》的規定，其登記機關應該是民政部門。登記機關的不同在一定程度上也反映了二者性質上的區別，在工商行政管理部門註冊登記，形式上就屬於營利性組織，應該遵守《公司法》等相關法律、法規的規定。
