專業型和學術型研究生的培養方向、學習內容、學習費用和導師制度都有不同。學碩的課程設定側重於加強基礎理論的學習，重點培養學生從事科學研究創新工作的能力和素質。專業學位課程設定以實際應用為導向，以職業需求為目標。教學內容強調理論性與應用性課程的有機結合，突出案例分析和實踐研究。
學術型研究生主要是培養學術研究人才，主要重視做理論與科學研究；而專碩培養在某一專業(或職業)領域具有堅實的基礎理論和寬廣的專業知識，具有較強的解決實際問題的能力，具有良好職業素養的高層次應用型專門人才。總體來說，學碩重理論，專碩重實踐，主要適用於企業型人才。
學術型碩士研究生的收費標準為8000元/學年，不同專業有所不同。專業碩士學費按照不同專業類別差別較大。有的學校每年2萬，有的學校每年十幾萬，不同的專業學費有所不同。但是總體來看專碩的學費要比學碩的貴。
學碩一般只有一個導師，專碩會實行雙師制。專碩在校內的一個老師是指導學生的理論，在校外實習期間還有一個導師指導實踐。
