公積金和商貸組合貸款的還款方式和公積金住房貸款、商業住房貸款的還款方式並沒有什麼不同，有等額本息還款法、等額本金還款法等等。
借款人每月只要按照還款計劃按時還上當月應還款額即可，銀行一般每個月都會發送賬單給客戶的，賬單上會註明當月應還的具體金額是多少。只是組合貸款因為有商貸部分，也有公積金貸款部分，所以一般會設立2個獨立賬戶，兩部分分開從2個獨立賬戶當中還。
而因為人們在辦理貸款的時候通常都會和銀行簽訂代扣代繳協議，所以客戶通常只要保證繫結的銀行卡里餘額充足即可。銀行系統到了還款日那天一般就會自動從客戶繫結的銀行卡里扣取相應的金額用作還款，並不需要客戶每個月主動去還款。
但若是繫結的銀行卡里餘額不足，或者卡片出現異常狀況，那可能就會導致銀行系統扣款失敗，還不了款，從而造成逾期，影響到個人信用，所以客戶要時時留意卡片的狀態。而客戶如果想要提前還款，也可以向銀行提出申請。
