水冷摩托車和風冷摩托車最大的區別就是散熱的方式不同，水冷發動機是通過水對發動機進行散熱，風冷發動機是使用自然風為發動機進行散熱。
水冷發動機的工作原理是，通過水泵、水箱溫控還有風扇，使流動水流過缸頭和缸套，以此能夠達到降溫的目的，水冷發動機通過節流閥和溫控的配合控制，能夠讓發動機保持最佳的潤滑效果，提升發動機的工作效能。
由於水的比熱容較大，發動機在工作的過程中，能夠很好的達到冷卻的效果，對於大功率、高轉速的發動機進行有效的溫度控制，相對於風冷發動機來說，水冷發動機的結構要複雜一些，外接水箱的佔用摩托車體積較大。
風冷發動機的工作原理就是使用自然風為發動機散熱，以空氣為冷卻介質的發動機，只需要在發動機表面鑄造出一些散熱片，通過這種方式增加空氣與發動機壁的接觸面積，這樣就可以達到很好的冷卻效果，如果發動機的溫度過高的話，風冷發動機容易出現故障。
