軟體企業的稅負不超過3%的按實際來計稅負，超過3%的稅負是3%。
1、根據《財政部國家稅務總局關於軟體產品增值稅政策的通知》規定：增值稅一般納稅人銷售其自行開發生產的軟體產品，按百分之17稅率徵收增值稅後，對其增值稅實際稅負超過百分之3的部分實行即徵即退政策。
2、根據《財政部國家稅務總局關於進一步鼓勵軟體產業和積體電路產業發展企業所得稅政策的通知》規定：我國境內新辦的符合條件的軟體企業，經認定後，在2017年12月31日前自獲利年度起計算優惠期，第一年至第二年免徵企業所得稅，第三年至第五年按照百分之25的法定稅率減半徵收企業所得稅，並享受至期滿為止。
3、符合條件的軟體企業按照《財政部國家稅務總局關於軟體產品增值稅政策的通知》規定取得的即徵即退增值稅款，由企業專項用於軟體產品研發和擴大再生產並單獨進行核算，可以作為不徵稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。
